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除细胞质雄性不育外，细胞质已被证明影响各种作物的产量、籽粒品质、株高、植株活力、耐寒性、耐热性、保绿性等农艺性状。叶绿体和线粒体是额外的核基因的来源。Roach和Woolf (1987)指出，质体和线粒体基因组较小，可以从母体直接排卵到春季，导致细胞质遗传的母体效应。他们还指出，细胞质基因组是一个独立的核基因组，它影响植物的数量和质量性状。
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